L'ultimo ambiente nei sotterranei è la cripta, opera bizantineggiante di Giovanni Battista Giovenale (1899-1901), eseguita a spese del cardinale Rampolla modificando ambienti preesistenti “dalla fenestrella confessionis” si vedono i sarcofagi dei Ss. Cecilia, Valeriano, Tiburzio e Massimo e dei papi Lucio e Urbano. Le indagini eseguite nel 1988 sotto la cappella delle Reliquie e l'attiguo convento delle Francescane hanno individuato una vasca battesimale circolare in laterizio, risalente forse al V sec, e sopraelevata nel Medioevo, testimonianza, rarissima in Roma, del battesimo per immersione, collocata in una stanza perfettamente conservata (ricavata da un ambiente del sec. II) con alle pareti resti notevoli della decorazione pittorica a velari.

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