L'intervento di Giovanni Battista Soria, in una delle prime trasformazioni seicentesche di basiliche medievali, non ha modificato sostanzialmente le proporzioni generali preesistenti, limitandosi alla decorazione in stucco (capitelli ionici a volute espanse, fregio con stemmi e simboli dei Borghese), al bel soffitto ligneo a lacunari (navata centrale e transetto) e alle volte a botte nelle navate laterali. Al centro del soffitto, Gloria di S. Crisogono, copia dal Guercino (l'originale, trafugato nel 1808, è a Londra, Stafford House). A sinistra dell'ingresso, monumento del cardinale Giovanni Jacopo Mille (1757) di Carlo Marchionni e Pietro Bracci. Nella navata destra si allineano i rovinati oli su muro delle Ss. Barbara e Caterina attribuito a Paolo Guidotti; dei Tre arcangeli assegnato a Giovanni da S. Giovanni; di S. Francesca Romana e della Crocifissione del Guidotti. Alla testata, Cappella del ss. Sacramento, già Poli, attribuita a Gian Lorenzo Bernini (1641): nella volta, Trinità e angeli di Giacinto Gimignani; sull'altare, l'Angelo custode di Ludovico Gimignani è coperto da altro dipinto settecentesco; ai lati, monumenti funerari di monsignor Gaudenzio e del cardinale Fausto Poli, con busti di Giuseppe Mazzuoli (1680). Nel Presbiterio (sul soffitto, Beata Vergine del Cavalier d'Arpino), l'altare maggiore è sormontato dal monumentale baldacchino tardo-manierista di Giovanni Battista Soria sorretto da quattro colonne d'alabastro dell'antico ciborio. Nel catino dell'abside, stucchi dorati con scene della vita di S. Crisogono (sec. XVII); in basso, Madonna col Bambino tra i Ss. Crisogono e Giacomo, mosaico riportato di ambito cavalliniano (1290).