Il primo tentativo ufficiale di recupero è quello compiuto da Leon Battista Alberti, nel 1446 su incarico di Prospero Colonna, che si concluse col rinvenimento di alcune tubature idrauliche in piombo. Nei secoli successivi si avvicendarono numerosi tentativi di approccio alle navi, anche solo per osservare ed estrarre quello che poteva essere prelevato con i mezzi dell'epoca. Tra il 1895 e il 1932 fu avviata una ricerca istituzionale, pianificata, e per evitare l'incontrollabile attività di depredazione dei tesori delle navi, che trovò risoluzione solo con la decisione di ricorrere all'abbassamento delle acque del lago. L’impresa si concluse nel 1932, riportando alla luce tutte le strutture superstiti dei due antichi scafi. Durante la seconda guerra mondiale, purtroppo, le navi sono state distrutte da un incendio. Gli arredi in bronzo rappresentano l’insieme dei materiali più importanti ritrovati nel corso delle ricerche per il recupero delle navi di Nemi. Le due navi costituiscono un esempio unico di imbarcazioni da parata, veri e propri palazzi galleggianti nelle acque del lago, realizzati dall'imperatore Caligola a immagine delle lussuose residenze orientali. Gli architetti dell'imperatore conoscevano i precedenti esempi nel mondo greco di età ellenistica, di cui lo scrittore greco Ateneo di Naucrati (II sec. d.C.) ci ha tramandato la descrizione più completa, ricordando le "regge galleggianti" di Gerone II di Siracusa (270-215 a.C.) e di Tolomeo IV Filopatore (221-204 a.C.).