La scoperta dell'Ara Pacis risale al 1568, quando al di sotto del Palazzo Peretti (poi Fiano e ora Almagià) ne riapparvero nove blocchi scolpiti su entrambi i lati ed inizialmente attribuiti ad un arco di Domiziano. Una parte dei blocchi fu acquistata dal Granduca di Toscana e per la maggior parte trasferiti a Firenze, un altro grande frammento finì al Museo del Louvre (ove tuttora si trova), un altro ancora fu trasferito ai Musei Vaticani, mentre quasi tutte le parti decorate a festoni vennero murate sulla facciata di Villa Medici, dove in parte sono ancora oggi. Nel Medioevo l'Ara Pacis servì da fondaco ad un marmorario che ne usò, fra l'altro, un frammento, poi ritrovato, che adoperò, rovesciato, per scolpirvi la pietra tombale di mons. Poggi. Più tardi, nel 1859, furono recuperati il rilievo di Enea e la testa di Marte del rilievo del Lupercale. Nel 1879, Friedrich von Duhn identificò per primo il monumento con l'Ara Pacis. Furono poi intrapresi, nel 1903, i primi scavi regolari, che portarono al ritrovamento delle strutture dell'Ara e al recupero di altri rilievi, tra cui quelli fiorentini così come quelli dei Musei Vaticani, donati da Pio XII, mentre per quelli del Louvre e di Villa Medici si dovette far ricorso a calchi. Infine, nel 1937-38, in occasione del bimillenario augusteo, gli scavi furono definitivamente conclusi. Furono così scoperte, tra l'altro, le due fiancate dell'altare, una delle quali quasi intatta. Si passò quindi alla ricomposizione dell'ara (orientata non più est-ovest, ma nord-sud) nel padiglione costruito appositamente presso il Mausoleo di Augusto, in prossimità del Tevere. L'inaugurazione ebbe luogo il 23 settembre del 1938.
