Il Transetto ha un ricco soffitto con stemmi di Pio VII, Leone XII, Pio IX, Gregorio XVI; le lesene corinzie che ripartiscono le pareti sono ricavate dai resti delle colonne in pavonazzetto dell'antica basilica; alle estremità dei due bracci, due altari adorni di malachite e lapislazzuli, donati dallo zar Nicole I di Russia. Le cappelle del braccio sinistro e destro sono abbellite da pietre ornamentali, la malachite dal color verde smeraldo e riquadri in lapislazzuli dal colore azzurro intenso.