La tomba dell'apostolo S. Paolo fin dal 1 sec. era meta di ininterrotti pellegrinaggi, l’imperatore Costantino per agevolare i pellegrini fece costruire sulla cella sepolcrale una piccola basilica, che venne consacrata nel 324 sotto il pontificato di Silvestro I. Ma col passare del tempo questa basilica risultò insufficiente per la folla dei pellegrini che vi si recavano; fu necessario riedificarla completamente. La ricostruzione venne eseguita sotto il regno congiunto degli imperatori Teodosio I, Graziano e Valentiniano II. La nuova basilica aveva cinque navate sorrette da ben ottanta colonne di marmo. La basilica di San Paolo sorgeva a circa 2 km fuori dalle mura aureliane ed era l’obiettivo di scorribande, come quella dei Longobardi nel 739 e quella dei Saraceni nell'847 che depredarono le ricchezze della basilica accumulatevi nel corso dei secoli. Fu per questo motivo che nel IX sec. per preservare la basilica, papa Giovanni VIII (872-882) la fa circondare da una cinta di mura fortificata con torri, creando un vero e proprio borgo che fu chiamato "Giovannipoli" tuttavia questo borgo già nel XIV sec. era quasi scomparso. Il 15 luglio 1823 si sviluppò un incendio per colpa di uno operaio che dimenticò di spegnere il fuoco di cui si era servito per riparare le grondaie del tetto della navata maggiore. Dopo che le fiamme furono spente, erano rimasti salvi unicamente l'abside, il transetto, il ciborio, il chiostro e una parte dell'arco trionfale. Marie - Henri Beyle, noto come Stendhal, visitò la basilica ancora fumante e scrisse in una pagina memorabile l'evento: " io visitai San Paolo il giorno dopo l'incendio. Ne ebbi una impressione di severa beltà, triste quanto la musica di Mozart. Erano ancora vive le vestigia dolorose e terribili della sciagura; la chiesa era ancora ingombra di nere travi fumanti, semibruciate, i fusti delle colonne, spaccati per tutta la loro lunghezza, minacciavano ad ogni istante di cadere. I romani, costernati, erano andati in massa a vedere la chiesa incendiata. Era uno dei più grandiosi spettacoli che io abbia mai visto".