Nella pala d'altare Maggiore, opera di Carlo Maratta, sono rappresentati i due protettori della città di Milano, Ambrogio e Carlo, sovrastati dalla Vergine che presenta al Padre San Carlo. I loro attributi, ovvero il pastorale di Sant'Ambrogio e una targa con il motto Humilitas dei Borromeo, sono retti dagli angeli che li circondano. La tela è stata restaurata, dopo un incendio, da Vincenzo Camuccini nel 1831. L'altare, con tutte le suppellettili bronzee, è stato decorato nel 1723-25 a spese del cardinale Bernardino Scotti. Pilastro di sinistra: Edicola dell'olio santo, proveniente dalla chiesa demolita di S. Nicolò de Tufo.