Nel 1573 il
pontefice Gregorio XIII, sensibile alle istanze delle minoranze religiose
cattoliche di rito greco albanese, istituì la Congregazione dei Greci.
Nonostante la contrarietà della Compagnia di Gesù, che riteneva più opportuno
romanizzare le comunità di rito greco, in seno alla Congregazione prevalse la
posizione del cardinale Giulio Antonio Santoro che, rispettoso dell'autonomia
culturale di quelle minoranze, propose la creazione di un Collegio Greco per la
formazione religiosa del clero orientale, al fine di evitare eventuali
comportamenti eretici. La fondazione del Collegio Greco venne approvata nel
1577 da Gregorio XIII che provvide anche all'acquisto dell'isolato in Via del
Babuino destinato ad accogliere il nuovo istituto. L’incarico per la
costruzione della chiesa di Sant'Atanasio, fu affidato a Giacomo Della Porta,
che terminò la costruzione nell'anno 1583 e il pontefice in persona celebrò la
prima messa secondo il rito greco. La facciata è in laterizio a due ordini di
paraste con portale a timpano e nicchie laterali: nell'ordine superiore vi è un
elegante finestrone fiancheggiato da lastre marmoree con iscrizioni in latino e
greco. I corpi laterali, arretrati, sono coronati da due eleganti torri
campanarie formate da loggiati a ordine di lesene, sormontati da timpani e
terminanti con una caratteristica cupoletta a cuspide, assai simili ai
campanili della SS. Trinità dei Monti; sulla torre di sinistra è collocato
l'orologio donato da papa Clemente XIV nel 1771.