Durante il rifacimento seicentesco dell'epoca di Alessandro VII venne concepito l'altare barocco della testata del braccio destro del transetto. Realizzato su disegno del Bernini e dai maggiori aiuti della sua bottega, presenta la grande pala dipinta da Giovanni Maria Morandi nel 1659. Sulla parete destra del Podocataro, opera della bottega del Bregno, che insieme alla raffigurazione delle quattro virtù presenta la particolare iconografia nordica del Cristo disteso sulle ginocchia della Vergine. A sinistra del monumento del cardinale Podocataro si apre l'accesso al corridoio della sacrestia dove sono conservati reperti quattrocenteschi della chiesa nonché memorie funebri. Sugli archi delle cappelle del transetto le splendide cantorie realizzate su disegno del Bernini da Antonio Raggi con gli stemmi del pontefice Chigi.