All'interno ornatissimo di marmi policromi, una cantoria in legno dorato e un importante organo sinfonico eclettico costruito nel 2008, abbelliscono la chiesa. Lo strumento, oltre che per il regolare servizio liturgico, viene impiegato anche per rassegne organistiche di carattere internazionale. La cupola ribassata (1674-76) è di Carlo Rainaldi; l'abside semi ovale e l'altare maggiore sono di Cristoforo Schor. Nel 1740 il re del Portogallo diede ordine di decorare la Cappella di San Giovanni Battista con marmi preziosi, un vero gioiello tardo barocco. La cappella venne assemblata nella chiesa di Sant'Antonio dei Portoghesi e poi smontata e rimontata in quella di San Rocco a Lisbona dove ancora oggi si trova.