Nella navata si trovano due altari e la Cappella di San Paolo della Croce; Il dipinto collocato sul primo altare della navata destra è del 1716 ed è dedicato a San Saturnino che distrugge l’idolo dipinto di Marco Benefial, appare legato stilisticamente al celebre Carlo Maratta. Il secondo altare è dedicato a San Pammachio, datato 1719 celebra Pammachio, fondatore della basilica, raffigurato con lo sguardo al cielo mentre alle sue spalle ferve la fabbrica della basilica. La Cappella di San Paolo della Croce, costruita nel 1857 a ridosso della basilica, è sormontata da una cupola che ha modificato radicalmente l'aspetto esterno della basilica. Cappella inaugurata nel 1880 costruita su disegno dell'architetto Martinucci, l’altare è affiancato da due colonne monolitiche di alabastro d'Egitto. Sotto l’altare è posta una urna con le spoglie di San Paolo della Croce. La Pala dell'altare e gli affreschi della cappella sono di Francesco Coghetti. Nel transetto due affreschi di Francesco Grandi: Agonia e Pietà di Gesù.

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