L’interno è a tre navate divise da pilastri fiancheggiati da 16 colonne antiche, diverse tra loro. Stucchi della chiesa sono di Francesco Ferrati. Affresco della volta del soffitto Gloria dei Ss. Gregorio e Romualdo e Trionfo della Fede sull'eresia è di Placido Costanzi (1727). La Pala all'altare maggiore, Madonna con Gesù Bambino, san Gregorio Magno e sant'Andrea olio su tela di Antonio Balestra (1735). Pavimento cosmatesco antico, ma ampiamente integrato nel Settecento e completamente rifatto nelle navate laterali absidate, con altari incassati nelle pareti. A destra e a sinistra innanzi alle porte minori, pregevoli Confessionali (1747).

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