La
chiesa sorge accanto all’antica porta del Celio, oggi chiamato Arco di
Dolabella, eretta nell'anno 10 d.C., come riportato nell'iscrizione
ormai quasi illeggibile. Sopra la porta Nerone fece costruire un acquedotto per
il rifornimento idrico del suo palazzo imperiale, la Domus Aurea. Il
nome formis deriva dal latino fornice, "arco".
Secondo alcune fonti, risulta che il complesso di san Tommaso in formis era un
monastero benedettino, la cui fondazione è da collocarsi tra il X e XI secolo.
La prima data certa della chiesa è 1207, quando Papa Innocenzo III fece dono
della chiesa con annesso monastero, a Giovanni de Matha fondatore dell'Ordine
della Santissima Trinità (Trinitari). Nel 1209 fu costruito accanto alla chiesa
un Ospedale per assistere poveri, infermi, e schiavi riscattati, secondo gli
scopi propri dell'Ordine. In questo periodo San Francesco di Assisi soggiornò
nel convento diverse volte in attesa di ottenere l'autorizzazione della regola,
per sé e per i suoi frati. I Trinitari lasciarono Roma nel 1380 e abbandonarono
il complesso portando le reliquie di San Giovanni in Spagna. Nel 1389 papa
Bonifacio IX trasferì il complesso al Capitolo Vaticano. Nel 1663 furono
effettuati lavori di restauro che trasformarono la chiesa, da romanica in una
chiesa barocca. Nel 1898 il Vaticano, in occasione del centenario dell'Ordine,
restituì ai padri Trinitari la chiesa e una parte del convento. La chiesa
fu riaperta al pubblico nel 1926, ma l'ospedale era stato demolito per la
costruzione della sede dell'Istituto Sperimentale per la Nutrizione delle Piante,
tuttora in funzione. La Chiesa è anche la Cappella Nazionale de " I
Ragazzi del 99 ", i cittadini Italiani nati nel 1899 che fecero
parte dell'ultima classe chiamata alle armi nel 1917, al culmine della prima
guerra mondiale.
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