La cappella ora intitolata a San Michele, era stata dedicata a San Carlo Borromeo e a Santa Francesca Romana da Francesco Cozza affermato artista allievo del Domenichino, in ringraziamento per la cessazione della terribile pestilenza che flagellò Roma e dintorni nel 1656. L'artista provvide anche a decorarla e suoi sono i due affreschi laterali con l’elemosina di San Carlos Borromeo e l’Apparizione della Vergine a Santa Francesca Romana. La pala d'altare è anche essa opera di Cozza, con San Carlo Borromeo e Santa Francesca Romana che intercedono per la cessazione della peste, fu spostata nel passaggio verso il chiostro, dove si trova attualmente, sostituita dall'attuale dipinto raffigurante San Michele Arcangelo di Ludovico Gimignani.