Verso la fine del sec. XVII, mentre Mattia de' Rossi ancora attendeva ai lavori di completamento della struttura architettonica, i padri si preoccuparono, fin dal 1686, di commissionare la decorazione dell'area presbiteriale, affidando a Pasquale Marini l'incarico di affrescare la cupola e la calotta absidale, e a Lazzaro Baldi, Giovan Battista Lenardi e Francesco Trevisani l'esecuzione di tre grandi pale con Storie di s. Andrea, per ornare le pareti dell'abside. È significativo che negli stessi anni sia Lazzaro Baldi che Pasquale Marini stessero lavorando nella chiesa di Santa Maria in Campo Marzio. Straordinarie sono le due sculture ai lati del presbiterio: l'Angelo con la corona di spine e l'Angelo con il titolo della Croce, che Gian Lorenzo Bernini eseguì nel 1667-1669 su incarico di papa Clemente IX Rospigliosi, per il ponte di Castel Sant'Angelo. Affascinato dalla bellezza delle due sculture, il papa decise di esporre alle intemperie, sul ponte, due copie realizzate dagli allievi. Le due sculture berniniane vennero custodite nello studio dell'artista finché il nipote Prospero Bernini non le donò nel 1729 alla chiesa.