L'altare maggiore è in marmi pregiati su disegno di Carlo Fontana (1634-1714). Le separazioni degli affreschi fatte a stucchi dorati, è una opera giovanile di Alessandro Algardi che incorniciano nel sottarco e nel catino gli affreschi di Domenico Zampieri, detto il Domenichino che rappresenta San Giovanni Battista che indica Gesù, Vocazione di Pietro e Andrea, Sant’Andrea condotto al supplizio, Sant’Andrea flagellato, sale al cielo. Mattia Preti, detto il Cavaliere Calabrese eseguì tra il 1650 e il 1651, i tre grandi affreschi sulla parte inferiore dell'abside riquadro di sinistra: Sant'Andrea issato sulla croce. Al centro, La crocefissione del santo. Nel riquadro di destra, La sepoltura di Sant’Andrea. Alla parete destra del presbiterio, Il Cardinale Bessarione consegna la reliquia del capo di Sant’Andrea di Emilio Taruffi; a sinistra, Sant’Andrea tenta di convincere Enea proconsole di Patrasso, di Carlo Cignani.