Il Presbiterio e l'Abside sono un rifacimento del tempo di Leone XIII eseguito, ripetendo le forme antiche, da Francesco Vespignani su disegno del padre Virginio (1884-86) si tratta di un "autentico falso" che stona con il rinnovamento settecentesco della basilica. Il mosaico (Jacopo Torriti, 1291) della semicalotta fu qui trasportato dalla vecchia abside e restaurato: in alto, fra nubi, Cristo a mezzo busto circondato da angeli; in basso nel mezzo, Croce gemmata, con la colomba posata sulla collina racchiudente la Gerusalemme celeste e donde scendono a dissetare il gregge (cervi e pecore) i quattro fiumi (i Vangeli); a destra i Ss. Giovanni e Andrea (le figure minori S. Antonio di Padova a d. e di S. Francesco d'Assisi a sinistra sono un'inclusione voluta da Niccolò IV); a sinistra, Vergine con il donatore Niccolò IV in ginocchio e i Ss. Pietro e Paolo; al di sotto, il Giordano; più in basso, tra le finestre, nove apostoli e le figurette degli autori del mosaico in ginocchio (fra' Jacopo da Camerino a destra, e Jacopo Torriti a sinistra).