Tra le leggende legate alla basilica va segnalata quella legata alla notte del 23 giugno, vigilia della festa di S. Giovanni, nella quale si diceva che le streghe si riunissero nei prati intorno alla basilica e che i Romani si divertissero a cacciarle via a suon di "pernacchie". Si diceva inoltre che le streghe fossero capitanate ora da Diana, ora da Minerva, ora da Erodiade, talvolta da tutte e tre insieme; poi Diana e Minerva scomparvero lasciando a guidare il sabba la sola Erodiade, la folle baccante che chiese la testa di Giovanni e l'ottenne. Le streghe si riunivano anche contemporaneamente sotto il noce di Benevento e nella valle di Norcia e si spostavano, naturalmente, a cavallo della famigerata scopa. Oggi di queste cose si ride ma non sempre fu così; vi sono letterati che ne hanno scritto seriamente e diffusamente, e per lo più sono preti o persone legatissime alla Chiesa, tra le quali Martino del Rio, Paolo Grillando (un Inquisitore!), Bartolomeo Spineo (frate e Maestro del Sacro Palazzo!). Oltre le "pernacchie", i Romani adoperavano anche altri scongiuri ma al tempo stesso cercavano di vedere le streghe, sia sulla piazza di S. Giovanni che al Colosseo, altro luogo ritenuto sede di sabba. Bastava portare una forcina appesa al collo, oppure agitare fiaccole e campanelle e poi tenere in bocca o al collo il principe degli scongiuri, un capo d'aglio. Cosi il Belli:
Ma a me, co' no scopijo ar giustacore
e un capo-d'ajo o dua sott'a li panni
m'hanno da rispettà come 'n zignore.