Vanto della basilica sono una serie di reliquie, che la rendono preziosa
nella devozione popolare. A cominciare dalle teste degli apostoli Pietro e
Paolo custodite, sul baldacchino gotico sovrastante l'altare papale, entro due
busti d'oro e argento, realizzati nel 1804 come copia di quelli eseguiti da
Giovanni di Stefano per Urbano V (1362-70) e rubati dai francesi durante
l'occupazione del 1799. Sotto il tabernacolo dietro le roste di legno dorato è
conservato l'altare di legno sul quale avrebbero officiato i primi papi. Alla
testata del braccio sinistro del transetto c'è l'Altare del Sacramento, le cui
quattro colonne di bronzo dorato sarebbero originarie del Tempio di
Gerusalemme, ma secondo altri del Tempio di Giove Capitolino, ottenute dalla
fusione ordinata da Augusto dei rostri delle navi di Cleopatra vinte nella
battaglia di Azio del 31 a.C.; in ogni caso furono poste in opera da Pietro
Paolo Olivieri nel 1600, per l'Anno Santo. Sopra il timpano, un reliquiario
conserva un frammento della tavola dell'Ultima Cena; la reliquia viene esposta
il giorno di Pasqua.