Niccolò Circignani detto Pomarancio eseguì affreschi nella cappella, già dedicata ai Santi Apostoli ed ora a S. Francesco Borgia. Nella volta rappresentò la «Pentecoste», nei peducci le «Virtù cardinali», nei lunettoni il «Martirio di San Pietro», e il « Martirio di San Paolo». Pier Francesco Mola eseguì i dipinti alle pareti con «S. Pietro » e la «Conversione di S. Paolo». Andrea Pozzo, eseguì la pala dell’altare, in cui appare «S. Francesco Borgia in estasi davanti all’Ostia consacrata», Nell’800 nella pala furono aggiunti le figure di tre gesuiti martirizzati in Giappone la manomissione è opera Pietro Gagliardi.