Per la realizzazione della cappella si susseguirono nell’incarico tre grandi architetti del tempo a cavallo tra XVI secolo e XVII secolo il primo assegnatario del progetto fu Giacomo della Porta, che già lavorava al progetto della facciata, fu poi assegnato a Pietro da Cortona. Ma per una definitiva assegnazione fu necessario indire un pubblico concorso per ridisegnare l’altare, il progetto prescelto fu del gesuita Andrea Pozzo, di Trento vincitore nel 1695 che realizzò una delle più famose opere del Barocco romano. La Cappella nasconde e protegge la monumentale statua di sant’Ignazio, nella grande nicchia, decorata con pannelli di bronzo dorato, lapislazzuli e marmi preziosi. A coprire la nicchia con la statua di sant’Ignazio é una grande tela, attribuita a Andrea Pozzo che raffigura il Santo che riceve da Cristo Risorto il vessillo con il monogramma del nome di Gesù. La tela, come un sipario, sale e scende con un sistema di bilancieri. Nel complesso dunque tutto l’altare appare come una sorta di “teatro”, quando la tela scende nel suo alloggio appare il Santo in gloria, rappresentato dalla statua posta nella nicchia dietro il quadro stesso. La grande nicchia, è decorata con pannelli di bronzo dorato, lapislazzuli e marmi preziosi. In alto, sopra una grande palla di lapislazzuli simboleggiante il mondo, ( la palla è di solo stucco rivestito di lapislazzuli) risalta una Gloria Padre Eterno benedicente. Tra lo stucco del palla del mondo rivestito di lapislazzuli e lo splendore della cappella girò ai sui tempi una divertente pasquinata: «Nel vedere tanto splendore il Padre Eterno restò di stucco!». La monumentale statua di sant’Ignazio, originaria opera di Pierre Le Gros, venne fusa durante l'occupazione francese per consentire a Pio VI nel 1798 il pagamento del tributo imposto da Napoleone con il trattato di Tolentino. Fu salvata soltanto la pianeta, (Paramento liturgico) da cui agli inizi dell'800 furono adattate le parti mancanti, formate in stucco e quindi argentate. Il lavoro venne eseguito nello studio di Antonio Canova, probabilmente da Adamo Tadolini, agli inizi dell’Ottocento. All'interno ogni pomeriggio, alle 17,30, si può assistere alla cosiddetta "macchina barocca": sull'altare, ad un certo punto, al suono di un organo, si solleva un pannello ed appare la statua del Santo in gloria.