Le stanze di Sant’Ignazio sono quello che rimane della casa dove il grande Santo visse dal 1544 al 1556 (anno della sua morte) e dove egli insediò la prima base della battagliera Compagnia di Gesù. Era in origine costituita da una vecchia abitazione che il santo riuscì ad ingrandire avvalendosi di alcune ricche donazioni, incorporando alcuni edifici attigui. I Gesuiti, riconosciuti come ordine religioso da Paolo III nel 1540, vi si stabilirono nel 1544. Inseguito la Casa, ridotta in pessime condizioni dall’alluvione natalizia del 1598, venne ricostruita con il finanziamento del cardinale Odoardo Farnese, tra il 1599 e il 1623. che si incaricò di costruire a sue spese una nuova Casa Professa, il cui progetto fu affidato all’architetto Girolamo Rainaldi. I lavori,iniziati nel 1599, finirono nel 1623. Il vecchio edificio, quindi, fu quasi interamente abbattuto, si conservarono solamente, le quattro stanze che avevano costituito l’appartamento di S. Ignazio . Nel secolo seguente le umili stanze divennero un vero e proprio Santuario: un giovane pittore gesuita, Padre Pozzo, fu chiamato a decorarle, e creò un tale capolavoro di prospettiva e di fantasia da diventare, sullo slancio di quest'opera così riuscita, l'illustratore «ufficiale» della Compagnia di Gesù e uno fra i più famosi artisti dell'epoca.