Negli affreschi dell'abside e dell'Altare Maggiore, vengono affrontati da Andrea Pozzo gli episodi più significativi della vita di S. Ignazio: nella calotta dell'abside, il Santo, librato in aria, si china sulle miserie umane; nel riquadro dell'Altare Maggiore sono raffigurata due angeli che sorreggono un medaglione con le parole che Gesù avrebbe detto a S. Ignazio nella famosa visione de La Storta: «Io a Roma vi sarò propizio» (1537) ed ai lati, rispettivamente a sinistra, S. Ignazio manda nelle Indie S. Francesco Saverio, a destra Ignazio accoglie nella Compagnia S. Francesco Borgia. In alto, nell'imbotte dell'abside, fratel Pozzo raffigurò l'assedio di Pamplona dove Ignazio di Loyola, ferito, si convertì ad una vita d'intensa spiritualità.