Nel 1740 Filippo Barigioni eseguì il riallestimento barocco della Chiesa, considerato da Paolo Portoghesi "tra i più felici restauri basilicali" della Roma del XVIII secolo, rinforzando i sostegni dell'antica navata con pilastri che non inglobavano le antiche preziose colonne, ma che si accostavano ad esse, dando l'impressione di essere quasi appoggiati. Ai restauri di Paolo II si debbono il soffitto a cassettoni intagliati e dorati su fondo azzurro (opera di Giovannino e Marco de' Dolci, 1465-68) — con quello di S. Maria Maggiore l'unico del '400 rimasto a Roma. Il radicale restauro del cardinale Querini, a opera di Filippo Barigioni, si delineò in più fasi: nel 1735-37 il presbiterio, l'altare maggiore e gli stalli del coro; nel 1741-45 la sostituzione delle colonne di granito con le attuali di muratura rivestite di diaspro di Sicilia, la foderatura dei pilastri e i bassorilievi in stucco tra le arcate; nel 1746-50 il prospetto interno.