In origine la cappella era dedicata al presepio e presentava affreschi del Cavalier d'Arpino e di Bosio da San Gimignano. Concessa in juspatronato ai Caffarelli, fu decorata nel sec. XVII su commissione del cardinale Scipione Borghese, discendente della famiglia. Nel 1724 fu completamente restaurata su disegno di Filippo Raguzzini. A questa data risale la base marmorea del fonte battesimale, successivamente restaurato nel sec. XIX.