Alla parete destra, Presentazione di Maria al tempio di Giovanni Francesco Romanelli (1640) e Martirio di S. Sebastiano, dipinto a olio su stucco di Domenico Zampieri detto Domenichino (1629). A quella sinistra, Castigo di Anania e Safira, dipinto su lavagna di Nicolò Circignani detto Pomarancio (1605), e Battesimo di Gesù di Carlo Maratta (1697). Nell'abside, monumenti funebri di Pio IV (1565) e del cardinale Giovanni Antonio Serbelloni di Alessandro Cioli (1583); sulla parete di fondo, S. Maria degli Angeli, dipinto eseguito a Venezia nel 1543; nella volta, affreschi di Daniele Seyter. Sulla sinistra del presbiterio si apre la cappella dell'Epifania, già sagrestia della chiesa michelangiolesca, trasformata in coro nel 1727: sopra gli stalli, storie di S. Brunone attribuite come l'affresco della volta (Trionfo del santo) a Luigi Garzi; sull'altare, Epifania, dipinto su lavagna del sec. XVI.