L’altare maggiore è sormontato dal ciborio a cupola, sorretto da colonne di marmo greco di tipo verde antico; opera di Tommaso De Marchis, e qui, in un’urna, si trovano le reliquie dei santi titolari. Le colonne hanno capitelli corinzi, affiancano i quattro archi, uno per ogni lato, sono coronati da timpani triangolari, decorati con piccole teste di angeli alati. Nella cripta, oltre all'altare con baldacchino, figurano alcuni affreschi del XII e XIII secolo; sono conservate, inoltre, le reliquie di s. Tommaso Becket, arcivescovo di Canterbury e confidente di re Enrico II d’Inghilterra, da questi fatto uccidere nel 1161 per la sua difesa intransigente dell’autonomia e dei privilegi della Chiesa.

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