Dalla sacrestia si accede alla cappella di San Francesco, che ha assorbito la remota cella del santo, unico resto dell'antico ospizio dove si custodiscono alcune sue reliquie e un celebre dipinto raffigurante San Francesco d'Assisi, copia della tavola attribuita al pittore francescano Margaritone d'Arezzo; l'opera è considerata uno dei rari ritratti autentici del santo (l'originale è alla Pinacoteca Vaticana).