Con la ricostruzione promossa da papa Innocenzo II (1130-1143), assunse le forme attuali di basilica a tre navate, colonne architravate, abside e transetto, ottenute con un massiccio impiego di materiali di spoglio provenienti perlopiù dalle Terme di Caracalla, attentamente scelti per qualità, conservazione ed omogeneità. Alla fine del Cinquecento, con il patrocinio dì Marco Sittico Altemps e su progetto di Martino Longhi il Vecchio, furono realizzate la cappella della Clemenza ed altre cappelle laterali.