Gli affreschi alle pareti laterali e di fronte all'altare furono eseguiti sotto papa Sisto IV. La serie del lato destro, sono episodi del Vecchio Testamento (Mosè è sempre riconoscibile dalle vesti gialle e verdi) sul lato sinistro sono episodi del Nuovo Testamento (Gesù sempre riconoscibile dalle vesti di colore azzurro). I pittori Quattrocentisti, dovendo rappresentare numerosi episodi delle Vite, concentrano più eventi all’interno dei singoli riquadri dipinti.

1, Battesimo di Cristo di Pietro Perugino realizzato nel 1482 (al centro del dipinto si staglia Roma, di cui si notano il Colosseo un arco di trionfo e il Pantheon);

2, Tentazione di Cristo e Purificazione del lebbroso di Sandro Botticelli realizzato nel 1482 (in alto a sinistra il diavolo tenta Gesù, nel fondo, la facciata dell'ospedale di Santo Spirito in Sassia) ;

3, Vocazione dei primi Apostoli, Pietro e Andrea di Domenico Ghirlandaio realizzato tra il 1481-82 (al centro l’uomo in blu alle spalle di Gesù è Diotisalvi Neroni prima amico e poi rivale di Cosimo dei Medici);

4, Discorso della montagna e Guarigione del lebbroso di Cosimo Rosselli in collaborazione con Piero di Cosimo realizzato tra il 1481-82;

5, Consegna delle chiavi, una delle maggiori composizioni di Pietro Perugino realizzato tra il 1481-82 (il quinto personaggio da destra l'autoritratto dell'artista, il penultimo personaggio all'estremità destra è il ritratto dell'architetto Giovanni de' Dolci);

6, Ultima cena di Cosimo Rosselli realizzato tra il 1481-82 ( nei riquadri sullo sfondo tre scene della passione di Cristo).