Gli affreschi alle pareti laterali e di fronte all'altare furono eseguiti sotto papa Sisto IV. La serie del lato destro, sono dipinti episodi del Vecchio Testamento (Mosè è sempre riconoscibile dalle vesti gialle e verdi) sul lato sinistro sono dipinti episodi del Nuovo Testamento (Gesù sempre riconoscibile dalle vesti di colore azzurro). I pittori Quattrocentisti, dovendo rappresentare numerosi episodi delle Vite, concentrano più eventi all’interno dei singoli riquadri dipinti.
1, Viaggio di Mosè in Egitto con la moglie Sefora, Circoncisione dei loro figli Gersam ed Eliezer, di Pietro Perugino e aiuti realizzato nel 1482;
2, Il roveto ardente con Mosè che uccide l'Egiziano e scaccia i Madianiti dalla fontana, di Sandro Botticelli realizzato tra il 1481-82;
3, Passaggio del Mar Rosso, di attribuzione incerta (Domenico Ghirlandaio o Cosimo Rosselli o Biagio di Antonio Tucci) realizzato tra il 1481-82 il dipinto ha un riferimento alla vittoria papale di Campomorto (1482; vi figurano i condottieri Roberto Malatesta e Virginio Orsini e il nipote del papa Girolamo Riario);
4, Mosè sul Sinai e Adorazione del vitello d'oro e consegna delle tavole della Legge, di Cosimo Rosselli e aiuti realizzato tra il 1481-82;
5, Punizione di Core, Dathan e Abiron, di Sandro Botticelli realizzato tra il 1481-82 (nel fondo, in mezzo, l'Arco di Costantino e, a destra gli avanzi del Settizonio, che al tempo dell'artista erano ancora in piedi);
6, Mosè che consegna la sua verga a Giosuè, Dolore per la morte di Mosè, di Luca Signorelli e Bartolomeo della Gatta realizzato nel 1482 (il giovane nudo rappresenta il terzo figlio del patriarca biblico Giacobbe capostipite della tribù israelitica dei Levi).