L' Antiquarium, è un piccolo museo creato durante la prima parte del XX secolo per accogliere i diversi oggetti trovati durante gli scavi della basilica. Tra i pezzi più importanti il dipinto di Cristo fra gli arcangeli Gabriele e Michele ed i santi Paolo e Giovanni, rimosso dall’oratorio del Salvatore negli anni 1955-56 per motivi di conservazione. Il museo ha una collezione di ceramiche islamiche risalenti all'XI secolo che facevano parte della decorazione del campanile medievale della basilica, e numerosi altri reperti.