Sul lato destro del transetto c’è la cappella di San Gabriele dell’Addolorata quadro di G. B. Conti; sul lato sinistro c’è la cappella del Sacramento quadro di Felice Torelli. In fondo alla navata è l'accesso ai sotterranei, dove si può accedere anche da Clivo di Scauro; in tale luogo, nel corso degli scavi del 1887, furono individuati i resti di Case Romane pertinenti ad almeno cinque edifici databili tra il sec. I e il IV, uno dei quali, risalente al II, venne dapprima utilizzato da una comunità cristiana, accogliendo poi la sepoltura dei martiri all'origine della basilica.