Eretta sopra il tempio di Giunone Moneta, fondata probabilmente da Gregorio
Magno nel 590 sul luogo di un monastero di monaci greci dal VI secolo; nel XI
secolo passò ai Benedettini, e nel 1250 ai Francescani, col nome di Santa Maria
in Capitolio che la restaurarono e vi annessero il loro convento; deve
l'appellativo in Aracoeli, sulla base della leggenda dell'apparizione della
Vergine a Ottaviano. É l'unica chiesa cristiana rimasta sul colle pagano, fra
monumenti pagani, infatti sorge sull'arx capitolina, di fronte al luogo dove
sorgeva il tempio di Giove. La chiesa fu ricostruita tra il 1285-87, forse su
progetto di Arnolfo di Cambio, dai Francescani; fu consacrata ancora
incompleta nel 1291, ma l’inaugurazione definitiva avvenne sotto l’egida di
Cola di Rienzo nel 1348. Il tempio assunse grande importanza, tanto da essere
sede delle riunioni dei maggiorenti della città e da essere chiamato
"chiesa del Senato di Roma”. Qui si svolse nel 1571 il trionfo di
Marcantonio Colonna dopo la vittoria di Lepanto. Nel 1467-72 il cardinale
Oliviero Carafa effettuò dei restauri; nel 1564 Pio IV demolì l'abside
affrescata da Pietro Cavallini, abolì la schola cantorum e spostò l'ingresso
laterale. Ulteriori restauri vennero eseguiti nel 1689 con la chiusura di
alcune finestre e ridecorata la navata centrale. La basilica fu profanata
durante l’occupazione francese del 1797 che fu adibita a stalla. Tra il 1886 e
il 1888 la basilica si trovò al centro dei lavori di demolizione per consentire
la costruzione del monumento a Vittorio Emanuele II, non si salvò l'antica
sagrestia e finirono sotto il piccone il convento e la Torre di Paolo III. Sono
rimaste integre il campaniletto di San Biagio in Mercatello ed una casa romana
di abitazione, che si trova ai piedi della scalinata, l'unico esempio rimasto
nell'urbe di una casa dei tempi della Roma dei Cesari.